Заповедник находится на территории земель Хангаласского и Олекминского районов (улусов) и состоит из двух изолированных участков: Участок "Столбы" (находится на правом берегу реки Лена и по бассейну реки Буотама) и Участок "Синский" (находится на левом берегу реки Лена выше устья реки Синяя).
Во все времена это природное образование вызывало у людей благоговейный трепет. Издавна для якутов и эвенков это место было священным. Рядовым людям туда путь был заказан. Они страшились гнева духов скал. Многие считали, что столбы - это застывшие изваяния людей, созданные неведомыми потусторонними силами. Лишь избранные, старейшины или всемогущие шаманы, решались приблизиться к этим таинственным скалам.
Установлено, что эти скалы представляют собой раннепалеозойские осадочные породы, а возраст известняков не менее 530-570 млн лет. Когда-то здесь было мелководное теплое море, омывавшее берега древнего сибирского континента. Миллионы лет на его дне оседали отмершие останки разнообразных мелких раковинных организмов, образуя многометровые толщи. Со временем море стало сушей. Прошли сотни миллионов лет, лишь в антропогеновый период под действием тектонических процессов континентальная Сибирская платформа медленно поднялась на 200 м, что привело к глубокому врезу долины реки Лена.
Возникли разломы и глубокие речные долины, активизировались карстовые процессы, которые, наряду с продолжающимися эрозионными выветриваниями, породили столь прихотливые и разнообразные формы скал, сложенных карбонатными породами. Так возник геолого-ландшафтный феномен под названием Ленские столбы. Следует отметить, что, в отличие от северо-западных регионов России, здесь в эпоху оледенений был очень сухой климат, препятствовавший образованию ледников. Даже когда в Северном полушарии температура максимально понижалась, здесь ледяного панциря, видимо, не было - следы его влияния на местные ландшафты отсутствуют.
Породы, из которых состоят Ленские столбы, - подлинная сокровищница для науки.
Ленские столбы были включены в список Всемирного Наследия ЮНЕСКО в 2006 году, как одно из удивительных мест нашей планеты с идеальной экосистемой, нетронутой человеком.